Certaines bactéries ont la possibilité de modifier ou de masquer la cible de certains antibiotiques. Les antibiotiques peuvent alors moins se lier à leur site d'action et leur activité est amoindrie. C'est le cas par exemple de Staphylococcus aureus qui, par l'hyperproduction d'une cible de faible affinité pour les β-lactamines au niveau de la paroi bactérienne, va pouvoir résister à tous les antibiotiques de cette famille.