Les bactéries peuvent produire des enzymes qui vont hydrolyser les antibiotiques ou modifier les groupements fonctionnels responsables de leur activité. La famille d'enzymes inactivatrices la plus connue est celle des β-lactamases qui touche les β-lactamines. En fonction de leur profil de substrat, on différencie parmi ces β-lactamases les pénicillinases, les céphalosporinases, les carbapénémases.